При археологическом исследовании в районе устья реки Большой Охты были найдены монеты, остатки посуды и другие ценности, относящиеся ко времени, когда на этом месте последовательно располагались шведские крепости Ландскрона и Hиеншанц. Последняя была разрушена войсками Петра I в 1703 году.

Как говорится в официальном сообщении дочерней структуры "Газпрома", все найденное передано для изучения в Институт истории материальной культуры РАH и Северо-Западный HИИ "Hаследие". Впоследствии эти предметы будут храниться во вновь создаваемом музее археологии Санкт-Петербурга, который планируется разместить на территории будущего комплекса "Газпром-сити".

Сейчас на месте планируемого расположения административно-делового центра общей площадью 300 тысяч квадратных метров в рамках подготовки к строительству параллельно проводятся археологические и инженерно-геологические исследования грунта.

Решение о возведении в историческом центре Санкт-Петербурга комплекса, центральной постройкой которого станет спроектированный британским архитектурным бюро RМJM London Limited 320-метровый небоскреб, вызвало многочисленные протесты у местных жителей. Согласно градостроительному регламенту, высота зданий в этом районе города не должна превышать 48 метров.

Против реализации масштабного проекта выступили петербургские архитекторы и деятели культуры. Городские молодежные организации провели ряд театрализованных акций протеста против строительства "Газпром-сити". В открытом письме к губернатору Валентине Матвиенко члены Союза архитекторов Петербурга заявили, что небоскреб с неизбежностью разрушит гармонию петербургских доминант, складывавшуюся столетиями. Однако сама глава города непреклонна в своей поддержке проекта.

Местное отделение партии "Яблоко" инициировало процедуру референдума о целесообразности строительства "Газпром-сити". Горожанам будет предложено ответить на два вопроса: "Согласны ли вы, что в целях сохранения уникального исторического облика Санкт-Петербурга здание административно-делового центра "Газпром-сити" в устье реки Охты не может иметь высоту более 48 метров, как это было установлено правовыми актами по состоянию на 1 марта 2006 года?" и "Согласны ли вы, что в целях сохранения уникального исторического облика Санкт-Петербурга в правилах землепользования и застройки должно быть установлено, что высота строящихся или реконструируемых зданий и сооружений на территории города не может превышать предельных высот зданий и сооружений, установленных правовыми актами по состоянию на 1 января 2006 года?".

В конце декабря 2006 года Городская избирательная комиссия Санкт-Петербурга отказала инициативной группе по проведению референдума в регистрации из-за неточностей в указанных членами группы данных.