Согласно утвержденному Генпрокуратурой обвинительному заключению, предприниматели обвиняются в совершении в 1998–2003 годах в составе организованной группы хищения путем присвоения крупных объемов нефти дочерних нефтедобывающих акционерных обществ ОАО НК ЮКОС – ОАО «Самаранефтегаз», ОАО «Юганскнефтегаз» и ОАО «Томскнефть-ВНК» на сумму более 892 млрд рублей, а также в легализации в крупном размере денежных средств, полученных от реализации похищенной в указанный период нефти на общую сумму, превышающую 487 млрд рублей и $7,5 млрд. Эта сумма равна стоимости всей нефти, которую качал и продавал ЮКОС за свою историю. Обвиняемые, которым, по подсчетам адвокатов, грозит до 22 лет тюрьмы, ни по одному из пунктов себя виновными не признают.